浮游植物作为湖泊中的重要生物部落之一，在水产养殖中人们对于浮游植物鉴定情况往往与水域营养水平、污染状况、资源现状、生产潜力等的指标和标准息息相关。浮游植物是鱼虾蟹贝类的直接或间接诱饵，维持微生态平衡，促使鱼、虾、蟹、贝类等达到生态防病的目的等等。所以要想水产养殖生态、、无公害，浮游植物鉴定能够起到非常重要的作用。
浮游植物作为监测水质的指示生物，水质如何与浮游植物的丰富程度和群落组成有密不可分的关系。浮游植物的减少或过度繁殖，都预示着该片水域的水质正趋向恶化。针对浮游植物鉴定报告得出，近年来，我国近海海域浮游植物的群落结构已经发生了较大的变化，主要表现在种类多样性下降、生物量呈明显上升趋势、种类组成结构和优势种发生明显更替、优势种群呈现个体微型化趋势等。
水产养殖中，不同的养殖模式对水体浮游植物群落具有巨大影响。鱼类和贝类的摄食活动是影响浮游植物群落结构的重要因素，它们对浮游植物的影响通常涉及到种群数量、生物量、生物多样性和个体大小等诸多方面。人工养殖增加了水体和底质中的N、P含量，原有的水化学平衡产生相应改变，从而也对水环境产生影响。在水动力作用下，这种影响还可能扩大到邻近水域生态系统。
水质污染的直接后果之一，便是浮游植物种类组成的变化。在未受污染的水体中，藻类的种群组成因季节和环境因素的变化而发生变化，但是这种变化一般情况下在一个特定的水体中是有规律的；而在被污染的水体中，随污染物和污染程度的不同，种群组成的变化则是无规律的，特别是那些对环境变化较敏感、喜低温、有机质含量低、水体透明度大的藻类，在污染水体中变化明显。