天气变化会直接影响到食品安全，长时间的存放空气之下，易产生各种菌落问题。菌落计数分析仪可以对微生物的菌落计数和计算、抗生素的抗菌性测试和菌种筛选等。菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的细菌集合而成。菌落总数具有两个方面的食品意义，其一作为食品被污染，及清洁状况的标志；其二可用来预测食品的可能存放的期限。菌落总数在菌落计数分析仪测定过程中应注意以下几个方面：
1、培养温度。不同食品含有细菌种类不同，即引起食品新鲜度下降的细菌种类不同。温度不同，细菌生长速度不一样。通常将细菌按生长温度的要求划分为嗜冷菌、嗜温菌和嗜热菌。
2、培养时间。根据不同类型的细菌，其培养时间也不相同。嗜冷菌：20-25oC、5-7，5-10oC、10-14天；嗜温菌：30-37oC、24或48±3小时；嗜热菌：45-55oC、2-3天。
3、样品中细菌要均匀分布。在进行样品稀释时，必须充分地混匀样品，否则检验结果有较大的差异。
4、不是所有的食品都规定有细菌总数指标。如发酵食品。
5、细菌总数反映的不是食品中全部的微生物。自然界中的细菌种类很多，各种细菌的生理特征和所要求的生活条件不尽相同，但异养、中温、好气性细菌占多数。所以实际工作中只用一种常用的营养琼脂来测定样品中的菌落数。因此，严格地说，这种方法所得到的结果，是一些能在营养琼脂上生长的好氧细菌的菌落总数。