目前，在水产养殖中藻类是被广泛应用的一支大军，一般有盐藻、角毛藻、三角褐指藻、等边金藻、中肋骨条藻、异胶藻、扁藻、新月菱形藻等40多种。藻类分类计数仪是集藻类智能鉴定与计数、浮游动物计数于一体，是专门为水环境与海洋环境生物监测提供的智能图像分析工具。
藻类在种群持续发展过程中，一方面通过光合作用为水体提供充足的溶解氧，另一方面降低并消除养殖水体中的有机污染和其他有害物质，保持养殖生态系统良性循环，达到改善水质的目的。因此，在水产养殖的苗种培育及水质管理中合理利用藻类，往往能达到事半功倍的效果。
所有藻类都具有叶绿素a和胡萝卜素，在光照条件下可率地进行光合作用，由于不同的藻类分布在不同的水层，因而可通过光合作用达到立体增氧的目的。不少藻类含有很高的蛋白质，还有维持水产品幼苗生长所必需的维生素及微量元素，对苗种的各项生理机能有明显的促进作用。例如，维生素E具有促进水产动物巨噬细胞的吞噬作用，提高补体活力，增强水产动物幼体的免疫能力；在对虾配合饲料中添加鱼腥藻粉可以明显提高对虾的生长速度及抗病害能力。因此鱼腥藻、小球藻等优良藻种在鱼虾苗种培育中具有很好的应用前景。
藻类分类计数仪的广泛应用有力地促进了藻类苗种行业的发展，也推动了育苗技术的进步。随着健康养殖的理念日益受到重视，可以预见在未来水产经济动物的苗种培育中，各种藻类也必将发挥越来越重要的作用。