一般菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，它是由数以万计相同的微生物集合而成。在微生物领域，研究人员会将细菌、真菌等微生物进行培养后计算其数量和观察其形态变化。人工计数具有耗时长、不准确、操作繁琐等缺点。而菌落计数分析仪广泛应用于食品和饮料的品质和卫生检验、水质分析、乳及乳制品的检测、医院临床检验、化妆品检验和药品的品质和质量检测等。适用于对微生物的菌落计数和菌落生长情况的观察等。在实际进行菌落计数分析仪操作时要充分了解所在的微生物实验室的相关情况。
1.微生物实验室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20～24℃，湿度保持在45～60%，超净台洁净度应达到100级。
2.微生物实验室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.微生物实验室应备有工作浓度的消毒液(75％的酒精)。
5.微生物实验室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证微生物实验室的洁净度符合要求。
6.需要带入微生物实验室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
7.工作人员进入微生物实验室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换工作服，鞋，帽子，口罩和手套(用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入微生物实验室进行操作。
8.微生物实验室使用前必须打开微生物实验室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理微生物实验室，再用紫外灯辐照灭菌30分钟。
9.供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球消毒外表面。
10.每次操作过程中，均应做空白对照，以检查无菌操作的可靠性。
11.吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
12.接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
13.带有菌液的吸管，试管，培养皿于高压蒸汽灭菌锅121℃保持20min后取出清洗。
14.如有菌液洒在桌上或地上，应立即用75%酒精溶液覆在被污染处至少30分钟，再做处理。工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽灭菌后洗涤。
15.凡带有活菌的物品，必须经消毒后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。
16.微生物实验室应每月检查菌落数。在超净工作台开启的状态下，取内径90mm的无菌培养皿若干，无菌操作分别注入融化并冷却至约45℃的营养琼脂培养基约15mL，放至凝固后，倒置于30～35℃培养箱培养48小时，证明无菌后，取平板3～5个，分别放置工作位置的左中右等处，开盖暴露30分钟后，倒置于30～35℃培养箱培养48小时，取出检查。100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落。如超过限度，应对微生物实验室进行*消毒，直至重复检查合乎要求为止。