水产养殖中藻类的存在有着*的作用。我们知道藻类群落的胞形状、大小、适应性分布和体色是水色的重要内容，是水体环境质量的外观表现，在环境保护和水产养殖日益受到重视的今天，藻类已经成为水环境评价的一个重要生物指标。藻类分类计数仪能快速实现藻类清晰成像、按形态自动分类计数藻类、累计总数和排序优势藻，以取代人工镜检计数，提高工作效率和准确性。
据藻类分类计数仪观察发现，藻类是水体中的一类主要悬浮物质，不同藻类除了叶绿素外还含有各自的特征色素，色素对光的选择性吸收和漫反射不同而使藻体看起来具有不同的颜色：蓝藻除了叶绿素外，还含有藻蓝素和藻红素，对蓝绿光的吸收少，故为蓝绿色；绿藻含叶绿素较多，亦含叶黄素和胡萝卜素，对绿光只少量吸收，大部分以漫反射形式反射出去，看起来呈绿色。大多数红藻虽含叶绿素、藻蓝素等，但以藻红素的含量占优势，对红光只能少量吸收，藻体通常呈红色，如紫菜、石花菜。褐藻除含叶绿素外，还含有类胡萝卜素，主要吸收蓝紫光，因而呈现褐色。不仅如此，不同藻类由于对自然光的选择性吸收因而在水体空问分布上具有明显的差异，对红光吸收较少，对绿、蓝、黄光吸收较多的部分红藻，生活于红光难以到达，而绿、蓝、黄光能到达的较深海水中(有的种可生活在深达100 m处)；绿藻对绿光吸收较少、对红光和蓝紫光吸收较多，而生活于包括红光在内各种光均能到达的浅水中。这种不同藻类的分层分布，有利于充分利用阳光和空问，是对环境的一种适应机制；同时不同藻类种类和数量的空间分层分布使水体具有各种各样的水色。
要使池塘藻类生态相对稳定，每天被藻类消费的物质必须能稳定供应；同时，每天生长出来的藻类也必须被相应消费，才能保持池塘中藻类的密度和活性相对稳定。因此，藻类相对稳定（即生态系统稳定）的本质是生态系统各环节之间相对平衡。